链特异性转录组测序
链特异性转录组测序（strand-specific RNA sequencing）是指在构建测序文库时，利用Illumina高保真Taq酶将mRNA链的方向信息保存到测序文库中。
基因组重测序（Re-sequencing）
使用的Illumina Genome Analyzer平台只需要极少量的样品，便可对数量有限的保存组织、拟胚体、小的模式系统和难以培养的生物进行测序。
细菌基因组完成图测序服务
通过基于PacBio第三代测序和Illumina二代测序，根据菌株具体情况制定最优策略，最终得到一条完整的基因组序列（1 contig，0 gap），是细菌基因组测序的最高要求。
二代测序
环境样品的宏基因组鉴定 微生物基因组测序 病原体检测 人类目标序列重测序 扩增子直接克隆测序（PCR产物） 传染病源快速鉴定 转录组研究 肿瘤基因组和突变
高通量测序包RUN
MiSeq测序系统采用Illumina成熟的TruSeq边合成边测序技术，它是唯一一台在单个仪器上整合了扩增、测序和数据分析的新一代测序仪，每次运行最多能产生超过7 Gb的数据。
基因表达谱分析
基因表达谱分析直接对某一物种或特定细胞在某一功能状态下产生的mRNA进行高通量测序，研究基因的表达差异情况。与转录组测序相比，基因表达谱测序要求的读长更短，测序通量更小，仅可用于基因表达差异的研究。